En el municipio de Rascafría se ubica la Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) del Alto Lozoya establecida conforme a la Directiva Europea 79/409 relativa a la conservación de las aves, declarada en 1989. Esta ZEPA ocupa 7.869 hectáreas y comprende el Parque Natural de Peñalara y la zona forestal de la cabecera del Valle del Lozoya, de especial importancia para la cría del buitre negro. La ZEPA compromete la conservación y mejora del estado de las especies de aves y sus hábitats presentes en el anexo I de la Directiva Europea 79/409 relativa a la conservación de las aves, así como de las aves de paso. Como ya se ha dicho, la principal especie motivadora de la declaración de la ZEPA es el buitre negro (Aegypius monachus).

En el Valle del Lozoya se encuentra la más importante colonia de buitre negro (Aegypius monachus) de la Comunidad de Madrid, circunstancia por la que se declaró en 1989 la ZEPA. Desde 1997 la Comunidad de Madrid inicia el proyecto “Caracterización y seguimiento de la Colonia de Buitre Negro en la ZEPA Alto Lozoya”, realizado en colaboración con la Sociedad Española de Ornitología (SEO/BirdLife), que tiene por objetivo el estudio del estado actual de esta colonia, profundizar en los patrones de cría, detectar los factores que influyen negativamente en su reproducción y caracterizar el hábitat donde se instala el buitre negro.

El Águila Imperial Ibérica es otra rapaz asidua del Valle de El Paular y fue destacada como especie primordial en la declaración de la ZEPA del Alto Lozoya en 1989. Aunque actualmente no está confirmada su reproducción en el valle, es habitual observarla aquí. Las zonas altas del Valle de El Paular tienen gran importancia en su área de campeo. Además el Valle de El Paular por sus características ecológicas es una buena zona de expansión natural, aspecto de gran trascendencia para esta especie tan amenazada y en peligro de extinción en otras áreas.